Der Seezeichenhafen ist ein Außenbezirk des Wasserstraßen- und Schifffahrtsamtes Elbe-Nordsee, und hier zuständig für das 12-Seemeilen-Gebiet zwischen der deutsch-dänischen Grenze und der Stadt Husum. Von hier aus werden die in diesem Bereich vorhandenen Leucht- und Leitfeuer, die über 320 Tonnen, darunter ca. 50 Leuchttonnen, sowie rund 1600 Pricken und Stangen an schmalen Wasserläufen überwacht und gewartet. Mehrere Wasserfahrzeuge des WSA, darunter der Tonnenleger „Amrumbank“, haben hier ihren festen Liegeplatz.